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A sexta temporada começou a ser exibida dia 28 de setembro de 2006 nos Estados Unidos, na recém criada emissora The CW, e estreou dia 7 de novembro, ás 21h (Horário de Brasília) no Brasil, no canal pago Warner Channel.O tema da sexta temporada, de acordo com o produtor executivo da série[2], é a “ascensão” de Lex Luthor. Nessa temporada Clark vai se empenhar em capturar os fantasmas que foram libertados quando ele conseguiu se livrar da Zona Fantasma e também continuaram aparecendo novos personagens da DC Comics.Dessa vez Oliver Queen, o Arqueiro Verde aparecerá e se envolverá com Lois. Esta, por sua vez, anseia descobrir a identidade do Arqueiro Verde. Chloe tem uma surpresa e reencontra Jimmy Olsen, um fotógrafo do Planeta Diário com quem ela pensava ter perdido a virgindade em temporadas passadas.Lana se aproxima mais de Lex e Clark parece aceitar isso de forma menos dolorosa. Os sentimentos de Clark por Lois também começam a mudar, principalmente a partir do episódio 6.10, intitulado Segredos Ameaçados.No episódio 6.11 (Justiça), além de Oliver, outros três integrantes da Liga da Justiça reaparecem na série. Bart (Denominado como ‘Impulse’, em vez de ‘Flash’ por restrições da DC Comics), Victor (Cyborg) e AC (Aquaman) formam com Clark e Oliver a Liga na série. Depois de ‘Justiça’, um outro integrante da Liga aparecerá (Ajax – o caçador de marte). Especificamente no episódio “Labirinto”, onde um dos fantasmas espalhados pela Terra causa grandes problemas a Clark, e neste momento ele descobre o aliado não muito claro ainda na história da temporada até então.