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Tendo chegado no Ártico sem saber o que fazer, Clark deixa o Cristal fazer todo o trabalho. Com a recentemente formada Fortaleza da Solidão, Clark começa a cumprir seu verdadeiro destino, parando o mal iminente com a ajuda de Jor-El, porém para o treinamento para salvar Chloe.Dois discípulos kryptonianos do General Zod, Nam-ek e Aethyr, chegam a Smallville en busca de Kal-El. O misterioso desaparecimento de Chloe nas cavernas e seu reaparecimento num hospital em Yukon, aumenta ainda mais as suspeitas que Lex tem em relação a Clark.Clark fica sem seus poderes durante algumas semanas, o que permite que sua relação com Lana se desenvolva mais que nunca e os dois perdem a virgindade juntos. Chloe vira a nova confidente de Clark, já que agora sabe de seus poderes, ela também consegue um emprego no Planeta Diário, mas começa de baixo, literalmente. Clark entra para a faculdade e um de seus professores é Milton Fine, que na verdade é Brainiac e esconde segredos sombrios.Dois novos heróis aparecem em Smallville, Aquaman e Ciborgue. Jonathan e Lex se candidatam a Senador. Jonathan é eleito Senador.No centésimo episódio da série, Clark decide contar a Lana seu segredo, e também a pede em casamento. Lex descobre, e numa perseguição de carro com Lana, ela acaba sofrendo um acidente e morre. Desesperado, Clark procura seu pai biológico, Jor-El, e esta dá a ele a oportunidade de voltar no tempo, mas com algumas condições que mudariam para sempre o destino de Clark. Agora de volta ao passado, Clark decide não revelar o seu segredo, o que faz com que Lana se distancie ainda mais dele. Clark consegue salvar Lana do acidente, mas ela já está envolvida com Lex e Clark percebe que seu relacionamento não tem mais volta.